Giovanni della Croce, al secolo Juan de Yepes Álvarez, nasce nel 1542 a Fontiveros, un borgo della Vecchia Castiglia, in Spagna; il padre Gonzalo de Yepes, nobile toledano, fu cacciato di casa e diseredato per aver sposato una povera tessitrice di seta, Catalina Álvarez. 

Egli manifesta fin da piccolo inclinazione alla carità verso i poveri e ancora di più verso la preghiera contemplativa.

Nel periodo tra il 1551 e il 1559 ha una formazione culturale ed artigiana nel Colegio de los doctrinosdi Medina del Campo (Valladolid), dove si è trasferita la famiglia. 

Successivamente fa il falegname, il sarto, il pittore e l'intagliatore, l'accolito della Chiesa della Maddalena, il commesso e l'aiutante infermiere nell'Ospedale della Concezione.

Nel 1563 entra nell'Ordine Carmelitano e tra il 1564 e il 1568 compie gli studi all'Università di Salamanca. 

Nel 1567 è ordinato sacerdote e tra settembre e ottobre dello stesso anno incontra Teresa d'Avila, da cui è conquistato in vista dell'inizio della riforma dell'ordine dei Carmelitani.

Il 9 agosto 1568, dopo numerosi colloqui con Teresa, va a Valladolid per la fondazione del primo convento di Carmelitane Scalze e vi rimane fino ad ottobre, informandosi dettagliatamente sulla nuova vita riformata; all'inizio di ottobre va a Duruelo (Segovia), adattandovi un cascinale a primo convento dei Carmelitani Scalzi; il 28 novembre, I domenica d'Avvento, vi inaugura la vita riformata.

Tra le varie sofferenze, fisiche e spirituali, che deve sperimentare a seguito della sua adesione alla riforma, spicca in particolare l'imprigionamento, il 2 dicembre 1577, nel carcere del convento dei Carmelitani Calzati. Qui resta rinchiuso per più di otto mesi : è sottoposto a maltrattamenti e torture fisiche, psicologiche e spirituali, trovando peraltro l'ispirazione per comporre alcuni dei suoi poemi mistici più noti e riuscendo, alla fine, a fuggire, tra le 2 e le 3 del mattino del 17 agosto 1578, in modo assai avventuroso.

Nel 1584 termina a Granada la prima redazione del "Cantico Spirituale", mentre in questi anni redige e perfeziona i suoi principali trattati spirituali: i suoi scritti verranno pubblicati per la prima volta nel 1618.

Il 28 settembre 1591 parte ammalato per Úbeda (Jaén), dove trascorre gli ultimi mesi di vita.

Alle ore 12 della notte tra il venerdì13 e il sabato 14 dicembre 1591 muore a Úbeda, in Spagna, a 49 anni di età.

Fu beatificato nel 1675 da Pp Clemente X (Emilio Altieri, 1670-1676); canonizzato da Pp Benedetto XIII (Pietro Francesco Orsini, 1724-1730) il 27 dicembre 1726; dichiarato Dottore della Chiesa da Pp Pio XI (Ambrogio Damiano Achille Ratti, 1922-1939) nel 1926.

S. Giovanni della Croce fu poeta (considerato tra i maggiori in lingua spagnola) e teologo: autore di svariati trattati, riguardanti soprattutto la preghiera, e del "cammino spirituale dell'anima verso Dio e in Dio".

La sua dottrina vuole che l'uomo, attraverso il passaggio nelle tre fasi ("purgativa, illuminativa e unitiva") si liberi progressivamente da ogni attaccamento e da ogni senso del possesso per essere del tutto puro e libero di unirsi alla divinità ("luce tenebrosa e tenebra luminosa"). Porta il paragone per cui, se si fissa di fronte e senza schermo il sole, per la troppa luminosità, l'occhio avrà l'impressione di vedere una macchia nera.

S. Giovanni della Croce scrisse, fra l'altro, tre trattati di teologia mistica che gli valsero il soprannome di "Doctor Mysticus":

1. Cantico spirituale 

2. Notte oscura dell'anima 

3. Ascesa al Monte Carmelo.

Queste tre opere, insieme ai suoi Pensieri sull'amore e sulla pace e agli scritti di S. Teresa d'Avila, sono considerate tra le più importanti opere mistiche in lingua spagnola, ed hanno influenzato molti scrittori spirituali successivi e filosofi.

San Giovanni Paolo II (Karol Józef Wojtyta, 1978-2005) fu fortemente influenzato in gioventù dagli scritti di S. Giovanni della Croce, fino a valutare un'eventuale ingresso nell'ordine carmelitano.

Significato del nome Giovanni : "Il Signore è benefico, dono del Signore" (ebraico).

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