Junípero, al secolo Miquel Josep, Serra nasce a Petra, nelle isole Baleari sull'isola maggiore di Maiorca, il 24 novembre 1713. I suoi genitori, Antonio Serra e Margarita Ferrer, profondamente credenti e devoti della Madonna del Rosario e del serafico padre S. Francesco, vollero battezzarlo lo stesso giorno. 

Da bambino Miquel Josep frequentava il vicino convento di San Bernardino, che egli considerava casa sua. Dalla famiglia e dal convento egli ricevette i semi della fede cristiana. Al primo indio, che battezzò nella missione di S. Carlo Borromeo, diede il nome di Bernardino di Gesù, in ricordo di questo convento.
La sua devozione mariana, coltivata per tutta la vita, trovava le radici nel santuario di Bonany, gioiello delle montagne maiorchine. La prima bimba che ricevette da lui le acque lustrali fu chiamata Maria de Bonany.
L'indole modesta ereditata dall'umile famiglia contrassegnò tutta la sua esistenza. Egli non conosceva la pigrizia, benché rispettasse sempre la siesta.

Il 14 settembre 1730 entrò nell'ordine dei frati minori. Per la sua abilità nello studio fu nominato lettore di filosofia prima di essere ordinato sacerdote. Successivamente ricevette un dottorato in teologia dall'Università Lulliana a Palma di Maiorca dove occupò la cattedra di filosofia al Collegio di san Ferdinando prima di raggiungere il Collegio missionario di San Fernando in Messico nel 1749.
Quell'anno viaggiò per il Nord America, in un primo tempo a Città del Messico dove insegnò teologia in quella università. Mentre viaggiava a cavallo di un mulo da Veracruz alla capitale, si ferì ad una gamba in modo così serio da soffrirne per il resto della sua vita, anche se continuò a compiere i suoi viaggi a piedi tutte le volte che questo era possibile. Chiese di essere inviato alla missione di Sierra Gorda nel nord dell'attuale Messico dove rimase per circa nove anni. Qui imparò la lingua degli indigeni e vi tradusse il catechismo. Richiamato a Città del Messico, divenne famoso come predicatore fervente ed appassionato. Il suo zelo lo indusse frequentemente ad essere molto duro nel concedere la penitenza ai peccatori. Si impose sofferenze corporali quali in cilicio ed altre penitenze.

Nel 1767 fu nominato superiore di un gruppo di 15 missionari francescani inviato nelle missioni indiane della Bassa California. I francescani, infatti, rilevarono l'amministrazione delle missioni cattoliche dei gesuiti della costa californiana, dopo che questi vennero banditi per ordine di Carlo III di Spagna che li espulse dalla Nuova Spagna il 3 febbraio 1768. Padre Serra assunse il ruolo di Presidente delle missioni francescane in California. 
Il 12 marzo 1768, Serra si imbarcò dal porto di San Blas sull'Oceano Pacifico, verso la California. Agli inizi del 1769, accompagnò il governatore Gaspar de Portola nella sua spedizione in Nuova California. Lungo la strada fondò la missione di San Fernando re di Spagna (l'unica missione francescana in tutta la Bassa California). Quando la spedizione giunse a San Diego il 1º luglio, Serra si fermò per fondare la missione di San Diego de Alcalá, la prima delle ventuno missioni di California, che portarono avanti la conversione dei nativi americani fino alle lontane coste di Sonoma nel nord. Quando giunse a Monterey, vi fondò la missione di San Carlo Borromeo e ivi rimase come padre presidente dei francescani. Nel 1771 si trasferì alla missione Carmel nell'Alta California che divenne la sua sede centrale. Sotto la sua presidenza vennero fondate le missioni di Sant'Antonio di Padova, dell'Arcangelo Gabriele, di San Luis Obispo, di San Giovanni da Capistrano, di San Francesco d'Assisi, di Santa Chiara e di San Bonaventura. Serra era anche presente alla fondazione del presidio di Santa Barbara il 21 aprile 1782 e fu impedito dal localizzare la missione, soltanto dall'animosità del governatore Felipe de Neve.
Nel 1773, alcune difficoltà con Pedro Fages, il comandante militare, lo obbligarono a tornare a Città del Messico per conferire con il viceré Antonio María de Bucareli y Ursúa per chiedere la rimozione di Fages dall'incarico di governatore. Il viceré diede ragione a Serra e rimosse il governatore nel 1774, dopodiché Serra fece ritorno in California. 
Nel 1778 Serra fu autorizzato alla somministrazione del sacramento della cresima ai fedeli di tutta la California. Dopo che ebbe esercitato questo privilegio per un anno, il governatore Felipe de Neve gli ingiunse di sospendere l'amministrazione del sacramento fino al giungere della bolla papale. Per circa due anni Serra si astenne dal somministrare la cresima e quindi il viceré Majorga diede istruzioni circa il diritto di padre Serra di amministrare il sacramento. 

Durante gli ultimi tre anni della sua vita, egli visitò ancora le missioni fra San Diego e San Francisco viaggiando per oltre 900 chilometri per cresimare tutti coloro i quali erano stati battezzati. Soffrì moltissimo per le sue condizioni di salute, sopportando il dolore senza usare alcun rimedio. Cresimò 5.309 battezzati, che a parte qualche rara eccezione, erano indiani convertiti al cattolicesimo dal 1770 fino ad allora.
Come S. Francesco, Junípero aveva mortificato troppo il suo corpo. Arrivato ai settanta anni, era ormai sfinito. Nel 1784 si ritrovò privo di forze e col respiro affannoso. Al dolore alla gamba non vi faceva nemmeno più caso, era da troppo tempo ormai che lo tormentava. A metà agosto il dottore lo visitò e gli propose un cauterio per liberare i polmoni. Purtroppo non servì a niente: capì allora che era giunto il momento di rimettersi nelle mani del Padre.
Egli si era sempre preoccupato per gli altri e assai poco per se stesso. Il 27 le sue forze cominciarono a venir meno. Disse subito a padre Palou, suo confessore, che desiderava recarsi in cappella per ricevere la Comunione e quindi prepararsi al trapasso. Andò coraggiosamente a piedi, accompagnato da una processione di frati, ufficiali reali, soldati e indios. Inginocchiatosi, cantò con voce forte il Tantum ergo per l'ultima volta. Con le lacrime agli occhi, ricevette l'assoluzione e poi la Santa Comunione. Rientrato nella cella, sentì mancargli le forze e chiese l'estrema unzione, recitando in seguito le litanie dei santi e i salmi penitenziali. Il giorno dopo, 28 agosto e festa di S. Agostino, ebbe un leggero miglioramento. Seduto su un'austera sedia di bambù, ormai sentiva la morte come una compagna. Adagiandosi sul giaciglio di legno grezzo, si addormentò per non più risvegliarsi. 

Nel settembre 1987 San Giovanni Paolo II (Karol Józef Wojtyta, 1978-2005) è andato a venerare il suo sepolcro a Carmel; un anno dopo, il 25 settembre 1988, l'ha proclamato Beato. 
In California la sua festa si celebra il primo luglio, in ricordo del suo arrivo a San Diego. In Maiorca, invece, si celebra il 26 agosto. 

Junípero Serra è stato canonizzato ("Beatum Juniperum Serra Sanctum esse decernimus et definimus…") il 23 settembre 2015, nel Santuario Nazionale dell'Immacolata Concezione a Washington, da Papa Francesco (Jorge Mario Bergoglio, 2013-), durante il suo viaggio negli Stati Uniti.

Fonti principali: serraclubitalia.com/; wikipedia.org ("RIV./gpm").

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