Nel 1883, terminato il ginnasio a Siedlce, entrò nel Seminario Maggiore di Lublino. Dopo quattro anni fu inviato a proseguire gli studi presso l'Accademia Religiosa di Pietroburgo, dove si laureò in teologia.

Il 5 luglio 1891, a 25 anni, fu ordinato sacerdote dal vescovo mons. Jaczewski nella cattedrale di Lublino. Per 17 anni ricoprì vari incarichi pastorali e d'insegnamento: viceparroco di S. Paolo Apostolo, professore nel Seminario diocesano, viceparroco della parrocchia della cattedrale, cappellano dell'Ospedale di S. Vincenzo de' Paoli, cappellano della Chiesa di S. Stanislao e ancora professore nel Seminario fino al 1908, quando lasciò Lublino per Varsavia.

Negli anni della sua permanenza a Lublino, si distinse per l'amore profondo verso i poveri, gli orfani e i disoccupati, partecipando con sensibilità ai loro problemi morali e materiali. Mise su un'attività editoriale letteraria-pubblicistica i cui proventi, uniti alle offerte ricevute, spendeva a favore dei bisognosi e delle opere caritative da lui stesso istituite.

Fondò orfanotrofi e case per anziani, a Lublino organizzò la Casa del Lavoro, consistente in una scuola di avviamento all'artigianato per i giovani disoccupati.

Per le ragazze avviate sulla via della prostituzione, aprì l'Asilo di S. Antonio dove potevano trovare possibilità di lavoro lecito.

Aveva uno spirito editoriale, che mise al servizio delle necessità spirituali dei suoi assistiti e della gente semplice e poco istruita; pubblicò libri di preghiere e di contenuto religioso per la diffusione della dottrina cristiana.

Nel 1905 tentò di pubblicare un giornale cattolico "Praca" ("Lavoro"), ma non ottenne il permesso delle autorità russe, che allora dominavano quella parte della Polonia.

Qualche anno dopo, con l'editto di tolleranza dello zar Nicola II, poté pubblicare, in linqua polacca:

- il quotidiano "Polak Katolik"; 

- il settimanale "Posiew" (Semina); 

- i mensili "Buona Domenica" e "Circolo del Rosario".

Nel 1908, con il permesso dei rispettivi vescovi, si trasferì a Varsavia dove organizzò una tipografia che stampava libri da lui editi, per la coraggiosa difesa della fede e dei principi morali cristiani.

Divenuto effettivo della diocesi di Varsavia nel 1919, don Ignazio Klopotowski fu nominato parroco della parrocchia della Madonna di Loreto, presso la Chiesa di S. Floriano nel quartiere 'Praga'. Anche qui si profuse nelle opere di carità, allestendo una cucina gratuita e dei dormitori per i poveri del quartiere. 

Contemporaneo del beato Bartolo Longo (1841-1926), che a Pompei aveva fondato opere sociali, tipografia, basilica, congregazione religiosa, per l'assistenza degli orfani e figli dei carcerati, anche padre Ignazio Klopotowski diede vita, a Varsavia, alla Casa Editrice Loretana e fondò la Congregazione delle "Suore della Beata Vergine Maria di Loreto" (Loretane), con la specifica vocazione della diffusione della buona stampa.

La Congregazione, sulle orme del fondatore, attraverso la stampa delle proprie Case Editrici, s'impegnò sin dall'inizio all'attività caritativa, all'apostolato della Parola di Dio e alla santificazione dei propri membri; ottenne l'approvazione pontificia nel 1971 dal Servo di Dio Paolo VI (Giovanni Battista Montini, 1963-1978).