Libéré et affranchi vers 190, il passa quelques années à Antium (Anzio) au sud-est de Rome. Zéphyrin, dès son élection comme pape en 199, l'appela à ses côtés, le faisant son secrétaire personnel et l'archidiacre de la ville : il le rendit responsable de la direction du clergé et de la création du premier cimetière chrétien qu'il fit creuser dans le tuf sur la Via Appia : cimetière qui porte aujourd'hui son nom « Catacombe de Saint-Calixte ».
A la mort de Zéphyrin, en 217, Calixte est élu pape. Il le demeura 5 ans 2 mois et 10 jours. Son court pontificat fut des plus difficiles, marqué par l'opposition d'un prêtre de Rome, Hippolyte, brillant mais excessif. Calixte défendit contre lui et quelques autres la foi trinitaire et fit prévaloir l'usage d'absoudre tous les péchés, y compris ceux que les rigoristes, tel Tertullien, considéraient comme impardonnables : l'idolâtrie, l'adultère et le meurtre. Il reconnut comme valide le mariage entre esclaves et femmes libres (non admis comme légal par le droit romain) et accepta le remariage des veufs ainsi que leur entrée éventuelle dans le clergé. Politique d'indulgence générale qui lui valut beaucoup de critiques : face à ses opposants, il resta ferme et donna sans se lasser l'image du bon pasteur.
Il est à remarquer qu'envers l'État, il ne montra aucune servilité. Apprenant qu'un chrétien venait d'être exécuté sur ordre de l'empereur Alexandre-Sévère et jeté dans le Tibre, Calixte se cacha sur les rives du fleuve et avec l'aide de quelques pêcheurs et membres du clergé, le retira des eaux, célébrant solennellement ses funérailles dans sa catacombe de la Via Appia.
Il mourut le 14 Octobre 222 dans son quartier du Transtévère, victime d'une émeute dirigée contre les chrétiens. Jeté du haut d'une fenêtre dans un puits, recouvert de décombres, il en fut retiré par un prêtre une quinzaine de jours après : on l'enterra sur la Via Aurélia dans le cimetière de Calépode non loin de là. Il laissait l'Église en pleine prospérité, organisée corporativement et dotée d'une école de théologie.
Dès le début du 4° siècle, il était déclaré martyr et l'un des rares à avoir son anniversaire. Ses reliques se trouvent sous le maître-autel de la basilique Sainte Marie du Transtévère : elle fut construite sur l'emplacement du modeste oratoire consacré à Marie qu'il avait fait édifier dans sa maison : Ier lieu de culte connu érigé à la mémoire de la mère du Christ dans la Ville éternelle.
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