Junípero, au siècle Miquel Josep, Serra, naît le 24 novembre 1713 à Petra sur l'île de Majorque aux Baléares.

Il entra chez les Franciscains le 14 septembre 1730. Excellent aux études il enseigna la philosophie, avant même d'être ordonné prêtre. Il obtint également un doctorat en théologie de l'université de Palma.
Junípero Serra part pour le Nouveau Monde en 1749. Il a alors 36 ans et enseigne d'abord la philosophie au collège de Mexico. Mais, de cœur, Serra est un pionnier et missionnaire. C’est à l’âge de 55 ans que ce petit homme, pas particulièrement robuste et marchant à l'aide d’une canne (séquelle d’une vieille blessure), accepte la tâche de coordonner les activités missionnaires dans la région.
Il faut d'abord reprendre les missions de la Baja California passées sous l'administration des Franciscains lorsque les jésuites furent expulsés d'Espagne et de toutes les colonies espagnoles par Charles III (en 1768). 

Avec le groupe de 15 franciscains dont il est supérieur il fonde également des nouveaux postes : San Barnabé, près de Monterrey, au nord de la colonie de Nouvelle-Espagne (l'actuel Mexique). De là, il visite les peuples aborigènes de la Californie, région encore inexplorée. En quelques années, les Franciscains fondent 21 missions. L'une d'elles fait l'objet d'une attention particulière du vice-roi de Nouvelle-Espagne, Bucareli. C’est, principalement à dos de mule qu’il couvrira les 750 miles pour rejoindre le site de sa première mission, San Diego, qu’il atteint en 1769. De cette date jusqu’à sa mort, 15 ans plus tard, il aura fondé 9 autres missions (10 au total sur un ensemble, à terme, de 21).

Le 15 décembre 1774, le Vice-roi Antonio Maria de Bucareli adresse au Père Junipero Serra une lettre où il lui propose de participer à une expédition vers une baie d'importance stratégique, en Californie centrale, sous le commandement du capitaine de marine Juan Bautista de Anza. C'est ainsi qu'un premier camp militaire est établi en ce lieu et les Pères Palou et Cambon y célèbrent la messe pour la première fois devant une modeste cabane, la mission Dolorès. Le lieu recevra le nom de San Francisco en l'honneur de saint François d'Assise.
Il meurt le 28 août 1784 à Monterey, en Californie, après avoir fondé de nombreuses missions dans le Nouveau monde.

Junípero Serra a été béatifié le 25 septembre 1988 par St. Jean-Paul II (Karol Józef Wojtyta, 1978-2005) et proclamé Saint le 23 septembre 2015, au Sanctuaire national de l’Immaculée Conception de Washington, par le Pape François (Jorge Mario Bergoglio, 2013-) lors de son voyage apostolique aux États-Unis
En canonisant Junípero Serra, le Pape François a donné à l'Église nord-américaine son premier Saint hispanique.

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