Francesco Saverio, al secolo Francisco de Javier y Jaso, ultimo di sei figli, nasce a Javier il 7 aprile 1506 in una famiglia nobile di Xavier (in Navarra) i cui beni erano stati confiscati da Ferdinando il Cattolico dopo la vittoria sugli autonomisti navarrini filofrancesi. 

Per sfuggire alla sconfitta e alla miseria, Francesco si rifugiò quindi in Francia: andò a studiare teologia alla Sorbona di Parigi dove, dopo il primo triennio, divenne "Magister artium".Il titolo abilitava a dare lezioni agli studenti del collegio, e gli consentiva di sostentarsi.

Nel suo stesso collegio di S. Barbara arrivò Ignazio di Loyola che, dice l'agiografia, ne riconobbe immediatamente il temperamento combattivo ed ardente e decise di conquistarlo alla propria causa; ivi studiava anche Pierre Favre (1506-1546), futuro teologo gesuita (beatificato nel 1872, da Pp Pio IX).

Con Javier e Favre, Ignazio di Loyola fece i primi voti, da cui sarebbe poi nata la "Compagnia di Gesù",nella chiesa di Saint Pierre di Montmartre, il 15 agosto 1534. I voti erano: povertà, castità, e pellegrinaggio in Terrasanta; se non fossero riusciti a partire sarebbero andati a Roma per mettersi a disposizione del Papa.

Non riuscendo a partire da Venezia, i nuovi gesuiti cominciarono con l'adempiere l'ultima parte dell'impegno, e Pp Paolo III (Alessandro Farnese, 1534-1539) finanziò il loro viaggio. 

Qui Francesco Saverio fu ordinato prete nel 1537, e qui i primi gesuiti aggiunsero ai tre voti tradizionali di povertà castità e obbedienza, il quarto e distintivo: l'obbedienza al papa.

Nel 1540, Giovanni III del Portogallo, chiese a Pp Paolo III di inviare missionari ad evangelizzare i popoli delle nuove colonie nelle Indie orientali.

Francesco Saverio, indicato da Ignazio, partì nel marzo del 1541. Per le Indie si partiva da Lisbona, e il viaggio del nuovo missionario durò più di un anno: arrivò a Goa ( India) nel maggio dell'anno successivo, spingendosi poi fino a Taiwan. La tradizione vuole che egli abbia portato la propria attività missionaria fino alle Filippine, ma di questo viaggio mancano tracce documentali.

Nel 1545 partì per Malacca, in Malaysia, dove incontrò dei giapponesi che gli diedero l'idea di estendere l'evangelizzazione al Giappone (agosto 1549). 

Ammalatosi durante il viaggio da Malacca all'isola di Sancian, morì all'alba del 3 dicembre 1552,all'età di 46 anni e 8 mesi, dopo aver più volte ripetuto: "Gesù, figlio di Davide, abbi pietà di me! O Vergine, Madre di Dio, ricordati di me!".

Il suo continuo peregrinare per lontanissime regioni diede ad alcuni l'impressione che fosse di temperamento volubile. Come legato del papa, pioniere, superiore e provinciale dei Gesuiti, era spiegabile che egli, ardentissimo della gloria di Dio e della salvezza delle anime, sospirasse di prendere visione del suo sterminato territorio per inviarvi gli operai occorrenti. S. Ignazio avrebbe preferito che, invece di pagare di persona, fosse rimasto ad amministrare le missioni dell'India, e avesse inviato, a dissodare il terreno, altri confratelli. La lettera che gli scrisse per richiamarlo, almeno provvisoriamente, in Europa, giunse quando egli era già morto.

Francesco Saverio fu sepolto nella chiesa dei Gesuiti di Goa, ma il suo braccio destro fu inviato a Roma, dove si conserva, dal 1614, in un reliquiario della Chiesa del Gesù, chiesa madre dell'ordine. Altre parti del corpo del santo sono state asportate nel corso del tempo ad opera di fedeli interessati al possesso delle reliquie.

Fu beatificato il 21 ottobre 1619 da Pp Paolo V (Camillo Borghese, 1605-1621) e canonizzato, insieme a Ignazio di Loyola, da Pp Gregorio XV (Alessandro Ludovisi, 1621-1623), il 12 marzo 1622. 

S. Francesco Saverio, pioniere delle missioni, è Patrono:

· dell'Oriente cristiano dal 1748, 

· dell'Opera della Propagazione della Fede dal 1904, 

· di tutte le missioni, con S. Teresa di Gesù Bambino, dal 1927. 

Significato del nome Francesco : "uomo libero" (antico tedesco).

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