Jan (Giovanni) Sarkander nasce il 20 dicembre 1576 a Skoczów in Slesia (oggi Polonia) da Gregorio Mattia Sarkander (boemo) e Helena Górecka (polacca), sposata in seconde nozze. 
Dopo la morte del padre (1589) la famiglia si trasferì a Pribor in Moravia presso il figlio sacerdote di Helena, nato dal suo primo matrimonio. Jan frequentò la scuola parrocchiale, il collegio dei gesuiti a Olomouc, l'università di Praga e la Facoltà di Teologia di Graz. 

Il 22 marzo 1608 divenne sacerdote a Brno. Successivamente svolse la sua attività pastorale in diverse parrocchie e Diocesi di Olomouc.
Nel 1616 venne nominato parroco di Holešov, sede del luogotenente di Moravia, Ladislav Popel di Lobkovic, di cui divenne consigliere e confessore. Dopo la rivolta dei nobili di Boemia, per la maggior parte protestanti, contro l'Impero d'Austria, il suo programma di ricattolicizzazione della parrocchia divenne molto problematico, e dopo l'arresto di Lobkovic, in attesa di tempi migliori, Jan si recò in pellegrinaggio alla Madonna di Czestochowa (1619) e per 5 mesi rimase in Polonia.

Questo viaggio in Polonia gli fu fatale. Dopo il suo ritorno fu accusato di spionaggio a favore del Re polacco, che nel frattempo era intervenuto con le sue truppe in sostegno dell'Imperatore d'Austria, saccheggiando la Moravia, ma risparmiando proprio Holešov, i cui fedeli si recarono incontro alle truppe polacche in processione eucaristica, guidata da Jan Sarkander.
Il nuovo giudice supremo della Moravia, protestante, fece catturare Sarkander sotto l'accusa di tradimento. Subì quattro interrogatori accompagnati da crudeli e prolungate torture (13-18 febbraio 1620). Dopo un mese di sofferenze morì in carcere il 17 marzo 1620, a 46 anni.

Jan Sarkander è stato beatificato dal Beato Pio IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti, 1846-1878) il 6 maggio 1860 e canonizzato il 21 maggio 1995 a Olomouc (Repubblica Ceca) da San Giovanni Paolo II (Karol Józef Wojtyta, 1978-2005).

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