À dix-sept ans, son père l'envoya se perfectionner dans une entreprise de Barcelone où, aux cours du soir, il apprit, sans abandonner le latin, le français et l'imprimerie. Après une terrible crise spirituelle où il fut au bord du suicide, il avait songé à se faire chartreux mais, sur les conseils de son directeur de conscience, il choisit d'entrer au séminaire de Vich (29 septembre 1829). 

Tonsuré le 2 février 1832, minoré le 21 décembre 1833, il reçut le sous-diaconat le 24 mai 1834 ; fut ordonné diacre le 20 décembre 1834 et prêtre le 13 juin 1835. Il acheva ses études de théologie en exerçant le ministère de vicaire puis d'économe de sa ville natale.

Désireux de partir en mission, il se rendit à Rome pour se mettre à la disposition de la Congrégation Propaganda Fide. Le cardinal préfet étant absent, Antoine suivit les Exercices de saint Ignace chez les Jésuites qui lui proposèrent d'entrer dans leur compagnie. Il commença son noviciat (2 novembre 1839) qu'une plaie à la jambe l'obligea à quitter (3 mars 1840).

Revenu en Espagne, il fut curé de Viladrau où, à peine arrivé, pour le 15 août, il prêcha une mission qui eut tant de succès qu'on le demanda ailleurs et l'évêque le déchargea de sa cure pour qu'il se consacrât aux missions intérieures (mai 1843) ; il prêcha et confessa dans toute la Catalogne et soutint ses prédications par plus de cent cinquante livres et brochures. 

Sa vie étant menacée, l'évêque l'envoya aux îles Canaries (février 1848 à mars 1849) où il continua son ministère missionnaire. Avec cinq prêtres du séminaire de Vich, il fondait la congrégation des « Missionnaires Fils du Cœur Immaculé de Marie » (16 juillet 1849).

À la demande de la reine Isabelle II d'Espagne, le Bx Pie IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti, 1846-1878) le nomma archevêque de Santiago de Cuba dont le siège était vacant depuis quatorze ans ; il fut sacré le 6 octobre 1850 et ajouta le nom de Marie à son prénom ; il s'embarqua, le 28 décembre 1850, à Barcelone, et arriva dans son diocèse le 16 février 1851. Il s'efforça d'abord d'instruire le peu de prêtres de son diocèse (vingt-cinq pour quarante paroisses) et de leur assurer un revenu suffisant ; il fit venir des religieux ; il visita son diocèse et y prêcha pendant deux ans où il distribua 97.217 livres et brochures, 83.500 images, 20.665 chapelets et 8.397 médailles ; en six ans, il visita trois fois et demi son diocèse où il prononça 11.000 sermons, régularisa 30.000 mariages et confirma 300.000 personnes. 

Il prédit un tremblement de terre, une épidémie de choléra et même la perte de Cuba par l'Espagne ; il fonda une maison de bienfaisance pour les enfants et les vieillards pauvres où il attacha un centre d'expérimentation agricole ; il créa 53 paroisses et ordonna 36 prêtres. Les esclavagistes lui reprochaient d'être révolutionnaire, les autonomistes lui reprochaient d'être espagnol et les pouvoirs publics lui reprochaient d'être trop indépendant : il n'y eut pas moins de quinze attentats contre lui et l'on pensa que le dernier, un coup de couteau qui le blessa à la joue, lui serait fatal (1° février 1856).

Le 18 mars 1857, l'archevêque fut mandé en Espagne par la reine Isabelle qui le voulait pour confesseur et il fut nommé archevêque titulaire (in partibus) de Trajanopolis sans pour autant cesser d'assurer de Madrid l'administration de Cuba. Confesseur de la Reine, il eut assez d'influence pour faire nommer de bons évêques, pour organiser un centre d'études ecclésiastiques à l'Escurial et pour imposer la morale à la cour. Voyageant avec la Reine à travers l'Espagne, il continua de prêcher et ne manqua pas de s'attirer la haine des nombreux ennemis du régime. Quand Isabelle II fut chassée de son trône (novembre 1868), Mgr. Claret suivit sa souveraine en France. Pendant ce temps, la congrégation des « Missionnaires Fils du Cœur Immaculé de Marie »  se développait lentement : elle avait reçu l'approbation civile (9 juillet 1859) et ses constitutions avaient été approuvées par Rome (decretum laudis du 21 novembre 1860) et définitivement reconnues le 27 février 1866 ; l'approbation perpétuelle, donnée le 11 février 1870, fut confirmée le 2 mai 1870. D'abord établie au séminaire de Vich, puis installée dans l'ancien couvent des Carmes, la congrégation, dirigée depuis 1858 par le P. Xifré, fonde à Barcelone (1860) et dans d'autres villes espagnoles avant d'ouvrir des maisons à l'étranger : en France (1869), au Chili (1870), à Cuba (1880), en Italie (1884), au Mexique (1884), au Brésil (1895), au Portugal (1898), en Argentine (1901), aux États-Unis (1902), en Uruguay (1908), en Colombie (1909), au Pérou (1909), en Autriche (1911), en Angleterre (1912), en Bolivie (1919), au Venezuela (1923), à Saint-Domingue (1923), au Panama (1923), en Allemagne (1924), en Afrique portugaise (1927), en Chine (1933), à Porto-Rico (1946), aux Philippines (1947), en Belgique (1949). 

Après la révolution de 1868 où un prêtre de la congrégation fut assassiné, le nouveau gouvernement ferma les six maisons espagnoles et les missionnaires s'exilèrent en France (Prades).

Mgr. Antoine-Marie Claret, bien que sa santé fut de plus en plus mauvaise, s'occupa de la colonie espagnole de Paris ; le 30 mars 1869, il partit pour Rome, afin de participer aux travaux du premier concile du Vatican, mais il y tomba si malade qu'il dut se retirer à Prades où il arriva le 23 juillet 1870. Il parut pour la dernière fois en public à la distribution des prix au petit séminaire où il fit un discours en Catalan (27 juillet 1870). L'ambassadeur d'Espagne demanda son internement mais le gouvernement français fit en sorte que l'évêque de Perpignan l'avertît et, lorsqu'on vint l'arrêter (6 août 1870), il était réfugié chez les Cisterciens de Fontfroide où il mourut le 24 octobre 1870.

Antonio María Claret y Clará a été béatifié le 25 février 1934 par Pie XI (Achille Ratti, 1922-1939) et proclamé saint, le 08 mai 1950, par le Vénérable Pie XII (Eugenio Pacelli, 1939-1958).

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