Dans une guerre contre le roi de Naples, la ville de Pérouse le soupçonna de prendre le parti de ce prince ; on le fit arrêter. Malgré son innocence et son éloquence à se défendre, il fut jeté en prison. Sur ces entrefaites sa femme étant morte, il résolut de ne plus servir que Dieu. 

Il vendit tous ses biens, paya sa rançon, distribua le reste aux pauvres, et se réfugia chez les franciscains, au monastère du Mont, près de Pérouse. Le gardien, craignant que cette vocation ne fût l'effet d'un dépit passager plutôt que d'un mouvement de la grâce, voulut l'éprouver. Il lui ordonna de faire le tour de la ville de Pérouse dont il avait été gouverneur, monté à rebours sur un âne, couvert d'un mauvais habit et la tête coiffée d'un bonnet de carton où étaient écrits divers péchés. Après une telle épreuve, les humiliations du noviciat ne lui coûtèrent plus. 

On lui donna pour maître un simple frère convers, à la direction duquel Jean se soumit avec la simplicité d'un enfant. Il fut traité par lui avec dureté : « Je rends grâces au Seigneur, disait-il plus tard, de m'avoir donné un tel guide ; s'il n'eût usé envers moi de pareilles rigueurs, jamais je n'aurais pu acquérir l'humilité et la patience.»

Jean fut renvoyé par deux fois du noviciat comme incapable de remplir jamais aucun emploi dans la religion. Il resta jour et nuit à la porte du couvent, souffrant avec joie l'indifférence des religieux, les railleries des passants et les mépris des pauvres qui venaient demander l'aumône. Une persévérance si héroïque désarma la sévérité des supérieurs et dissipa leurs craintes. Jean, reçu de nouveau, fut enfin admis à la profession. 

Dès lors sa vie fut admirable, il vivait uniquement de Jésus sur la Croix. Embrasé d'amour pour Dieu, il faisait de sa vie une oraison continuelle : le Crucifix, le Tabernacle, l'image de Marie, le jetaient dans l'extase : « Dieu, disait-il, m'a donné le nom de Jean, pour me faire le fils de Marie et l'ami de Jésus. »

Ordonné prêtre, Jean fut appliqué au ministère de la parole. Ses paroles produisaient partout des conversions nombreuses. Une secte de prétendus moines, les Fraticelli, dont les erreurs et les mœurs scandalisaient l'Église, fut anéantie par son zèle et sa charité. Le pape Eugène IV, frappé des prodigieux succès de ses discours, l'envoya comme nonce en Sicile ; puis le chargea de travailler, au concile de Florence, à la réunion des Latins et des Grecs. Enfin il le députa vers le roi de France, Charles VII.

Ami de saint Bernardin de Sienne, il le défendit, devant la cour de Rome, contre les calomnies que lui attirait son ardeur pour la réforme de son Ordre ; il l'aida grandement dans cette entreprise, et il alla lui-même visiter les maisons établies en Orient. 

Nicolas V l'envoya, en qualité de commissaire apostolique, dans la Hongrie, l'Allemagne, la Bohème et la Pologne. Toutes sortes de bénédictions accompagnèrent ses pas. Il ramena au bercail de l'Église un grand nombre de personnes, et convertit une quantité prodigieuse de juifs et de musulmans.

À cette époque, Mahomet II menaçait l'Occident d'une complète invasion, tenait Belgrade assiégée, il se promettait d'arborer le croissant dans l'enceinte même de Rome. Le pape Calixte III chargea saint Jean de Capistran de prêcher une croisade : à la voix puissante de cet ami de Dieu, une armée de 40 000 hommes se leva ; il lui trouva pour chef Huniade, un héros, et il la conduisit à la victoire.

Étant à trois journées de marche des Turcs, tandis qu'il célébrait la Messe en plein air dans les grandes plaines du Danube, les témoins ont rapporté qu'une flèche partie d'en haut vint, pendant le Saint Sacrifice, se placer sur le corporal. Après la Messe, Jean lut ces mots écrits en lettres d'or sur le bois de la flèche : « Par le secours de Jésus, Jean de Capistran remportera la victoire. » Au fort de la mêlée, il tenait en main l'étendard de la Croix et criait : “Victoire, Jésus, victoire !” Belgrade fut sauvée. C'était le 23 octobre 1456. 

Trois mois après, Jean de Capistran, ayant prononcé ces paroles du Nunc dimittis : « C'est maintenant, Seigneur, que vous laisserez mourir en paix votre serviteur » expira en disant une dernière fois : « Jésus ». Il avait soixante et onze ans.

Jean de Capistran a été canonisé le 16 octobre 1690 par le pape Alexandre VIII (Pietro Vito Ottoboni, 1689-1691).

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